研究发现，总体而言，有机种植的产量要比传统种植的产量低四分之一左右。不过有机种植的产量变化很大，有些有机耕地比传统种植方式的产量低很多，而另外一些却已经和传统农业的产量相当接近了。
什么因素会影响有机种植和传统种植方法的产量差距呢?农作物的品种十分关键。有机水果和产油种子(oilseed)只比传统农业的产量低3%到11%，而有机蔬菜和谷物的产量会比一般的同类作物低26%到33%。
土壤条件也是一个重要因素。研究发现，在酸碱度比较中性的土壤里(pH在5.5到8.0之间)，有机耕地的产量会和传统耕作的方式比较接近，但是在这个范围之外，传统农业从产量上来说，优势就比较明显了。一个可能的解释是，在强酸或强碱的土壤里，作物更依赖化肥中的磷，而有机生产方式很难给这些作物提供足够多的磷。
另外，有机农业在发达国家和发展中国家的表现也很不相同。在发达国家，有机农业的产量比传统农业要低20%，而在发展中国家，有机农业产量要低上43%。此外，有机农业还很依赖具体的耕种管理措施，营养补充和害虫管理都很重要。
根据这项研究的分析结果，有机生产方式的限制因素很可能是氮肥。如果给有机作物施加更多的氮，产量就会有所提高。而为传统农业种植的作物施加额外的氮却不会有明显的增产效果。这是因为绝大多数有机肥料(例如动物的粪便)中的氮元素往往释放缓慢，难以满足作物的需求。在有机作物中，只有豆类植物和多年生植物受氮肥的限制较小。这是因为前者有更好的利用氮元素的能力，而后者具备更长的生长周期，有足够的时间等待有机肥中的氮慢慢释放出来。
