寇建平强调，转基因食品安全评价遵循的是个案分析原则，不能笼统地谈转基因食品的安全性问题。“迄今为止，转基因食品没有发生一起经过证实的食用安全问题。已安全研究近40年，安全食用18年。”他回应网络盛传的欧盟退米制品事件，表示那是因为管理问题，而非安全问题。
寇建平表示，安全是相对的，没有绝对安全的食品，只有安全的剂量。如盐、酒摄入过量同样不安全；比如有人对牛奶、花生过敏，对该人群不安全；而吃未炒熟的豆角会中毒。
转基因生物的安全性谁说了算？寇建平表示，不能是个人说了算，不是“隔壁王大妈说不安全”，而应该是专业的权威机构说了算。
他列举这些专业权威机构：第一，部际联席会12个成员单位；第二，安委会，即由部际联席会12个成员单位推荐，目前第四届共64名委员，其中农业领域25人，环境领域19人，质检领域11人，卫生食品领域18人；第三，标准委员会；第四，检测机构，目前我国有39个双认证有资质机构；第五，同行专家群体。
